人工清理是最快捷的方法，但指标不治本。清理前最好将缸内的鱼儿捞出来，同时还要将里面的水放掉。准备刮藻刀或磁力刷等工具，将缸壁上的绿藻慢慢地刮掉就可以了。刮完后重新注入养过的水，然后将鱼儿放回。
除藻剂是一种比较快速的除藻方法，它的见效速度快，不过也要注意控制用量，如果使用过量的话，会导致鱼儿的健康受到影响。这种药物一般有两种，分别是戊二醛和硫酸铜，需要注意的是，二者不能一起用，不然会失去药效。
最稳妥的除藻方法还要数养食藻鱼。食藻鱼有很多，比如青苔鼠、黑线飞狐、小精灵鱼、接吻鱼、黑玛丽等等，它们都可以吃掉附着在缸壁上的藻类，从而起到清理的功效，但混养前要注意选择，一定要引入合适的食藻鱼才行。
除了要除藻，预防藻类爆发也尤为关键。这方面主要是通过控制光照，以及减少喂食来实现。大部分藻类的生长都离不开充足的光照，而且也需要水体处于富营养化，而只要从这两个方面入手，藻类就很难生长。
