1、体型区别：首先，区分麝香龟的公母可以从体型方面入手区分。当麝香龟还比较小的时候，基本没法区分。在长大一些之后，就可以从这个方面来区分了。对于年龄相同的麝香龟来说，母龟的体型相对来说都是比较大的，公龟的体型较小。若是麝香龟都成年了，则更容易从体型方面分辨出来。
2、尾巴区别：区分麝香龟的公母还可以从它们的尾巴的大小来区分。一般来说，公龟的尾巴都是又粗又大的，也比较长；母龟的尾巴则看起来比较短小。
3、腹甲区别：公龟和母龟的腹甲也是有差异的。观察一下它们的腹甲，若是公龟的话则会有比较明显的部分凹陷进去，若是母龟的话则没有凹陷。
4、生殖孔形状区别：还可以从它们生殖孔的形状来加以区分。公龟的生殖孔形状看起来是方形的，而母龟的则是圆形的。有时候生殖孔的位置也有差异，母龟的生殖孔距离腹甲比较近。
在麝香龟年龄还比较小的时候，公龟和母龟之间的区别特征是不太明显的，不容易区分。尤其是在它们刚出生的时候，更不容易区别公母。一般来说，至少要养殖2-3年才可以看出公母。若是想明确地区分公母，则最好在它们进入性成熟阶段或成年之后，这样它们的性别特征会更加明显。
