在养殖佛鳄龟的时候，可以尝试让它们进行繁殖。在母龟生蛋之后，就是孵化的过程了。若是自然孵化的话，一般需要60-80天，而且孵化的成功率比较低。若是人工孵化的话，需要的时间会缩短，而且成功率也比较高。因此，若是有条件的话，最好采用人工孵化的方式，不过这个过程是比较麻烦的。
若是人工孵化，首先要准备一个塑料箱子，将一块泡沫板放在底部，在上面钻一些比较小的漏水孔。然后再在泡沫上铺三层砂子，最下面用最粗的砂子，上面的用细砂。之后将蛋放在最上面，注意蛋之间的间隔别太小。都准备好之后，将箱子放在孵化室中。注意调控周围的环境，空气的湿度最好控制在81%-85%之间。砂子的含水量则控制在7%-8%之间，若是发白的话则说明过干，需要喷洒一些清水。温度则控制在30度左右比较好。在适宜的条件下，孵化的时间一般会在42-48天之间。
在孵化的过程中，周围环境的温度会对佛鳄龟的公母造成一定的影响。因此，可以通过调节温度来达到想要公龟的目的。具体来说，若是温度比较高的话，那么蛋孵化的速度就会加快，此时大概率孵化出来的是母龟。若是想要公龟的话，就需要让孵化的时间相对来说长一些，也就是让周围的温度稍微低一些。但也不能太低，不可低于20度。
