养殖佛鳄龟的过程中，需要注意调控水位。因此，需要先了解一下它们是否是深水龟。野生的佛鳄龟算是一种深水龟，因为野生品种的分布水域一般会比较深。若是人工养殖，自然也可以让它们生活在深水之中。不过，若采用人工饲养的方式，水没有必要太深，水太深的话会导致养殖的过程中有许多麻烦。比如，换水就会比较麻烦，换水量比较大；清理容器的过程也会更麻烦；再者，将佛鳄龟拿出容器的时候也不容易，佛鳄龟自身在浮到水面去的时候也会消耗体力。
上面已经介绍过，佛鳄龟虽然可以生活在深水之中，但水是没有必要太深的，否则不仅不利于佛鳄龟的生长发育，换水以及打扫的过程也是比较麻烦的。一般来说，可以将水位调节到佛鳄龟的背甲高度3倍左右的地方。在这样的水位条件下，更有利于它们发育，也不会损害它们的健康。在养殖的过程中，水位既不能太高，也不能太低，别让它们的壳露出水面。
随着佛鳄龟生长，水位是可以随之而调节的。在佛鳄龟比较小的时候，可以用稍微浅一些的水来养殖。随着它们体型的增大，自然水位也要随之而升高了。在养殖的过程中合理调节水位，对它们的生长速度有一定的帮助。
