孔雀鱼的生存能力很强，基因也很强大。它们可以进行近亲繁殖，所以同一窝的孔雀鱼是可以交配繁殖的。不过，即使是再好的基因。近亲交配的次数太多，也会导致它们的后代出现退化问题。如果是三代以内交配的后代，退化现象不会太严重。子代还能够正常生长发育，并继续后代的繁衍。
但是，若超过第三代，再进行近亲交配。它们所产的鱼儿很容易患病，或者不能正常发育。严重时会出现刚出生就是死胎的情况。因此，同窝繁殖的孔雀鱼最多控制在三代以内。
孔雀鱼的品系众多，其中就有杂交产生的品种。它们拥有强大的繁殖能力，即使品种不同，也可以进行繁殖交配。通过串种的方式，可以改变它们的形态、体色。不同品种的孔雀鱼混养在一起，它们繁殖出来的后代各不相同。小鱼的花纹和颜色都与亲鱼不同，几乎每一条的样子都是不一样的。不过，只有在人工干涉的情况下，它们才会串种交配。
