想要清理锦鲤的排泄物，首先靠的是过滤。如果缸内没有过滤，或者过滤设备的功率比较小，清理的效果就差一些。更换一个更有效的过滤装置，或者检查一下滤网的情况，看看是否堵塞，需不需要清洗。另外，还可以缩短吸水口，这样也能增加它的吸力。
养什么鱼都要定期换水，但换水一定要注意方式方法，通常要从水缸的底部抽水，可以用虹吸法，将水从底部抽出，这样也能带走水底的残饵和鱼便。换水的水量不要太多，一般在四分之一左右。抽走水后，需要从缸底慢慢将新水兑入，不要暴力换水，以免刺激到鱼儿。
锦鲤的食量很大，如果不好好管控投喂量，排泄物还是会一直增加，所以在平时需要减少饲料用量。投喂的饲料可以选择人工合成颗粒，也可以喂豆饼、菜饼、面包屑以及鱼虫和虾肉等。投喂要定时定量，每次喂到七八分饱就可以了。
建立硝化系统对于减少排泄物并没有直接的帮助作用，但排泄物太多会导致水体中的氨氮增加，这会影响鱼儿的食欲，甚至导致其是死亡。而硝化细菌可以将水体中的氨氮转化成硝酸盐，所以对锦鲤的健康有很大的帮助。
