迷你麝香龟和普通麝香龟的确在外观方面有一定的相似性，因此许多养殖者无法区分这两类乌龟。其实，二者在许多方面还是有差异的。不过在它们比较小的时候无法观察到，在它们成年之后更容易比较。具体可以从以下三个方面来比较它们：
1、体型区别：在成年之后，迷你麝香龟和普通麝香龟的体型是有区别的。成年后的迷你麝香龟看起来是比较长、而且比较窄的，总体看起来是椭圆形的。而普通麝香龟则不同，看起来圆圆的。
2、腹甲长度区别：迷你麝香龟不论公母，它们都是比较小巧的，腹甲的长度基本不会超过10厘米，一般来说母龟的腹甲在7厘米左右，公龟的腹甲则在5厘米左右，这也是它们得名的原因。而普通的麝香龟体型则相对来说会大一些。
3、背甲颜色区别：二者的背甲颜色也是不同的，迷你麝香龟的背甲颜色相对来说是比较深的，但普通麝香龟的背甲颜色则比较浅。而且，它们背甲的花纹形状也有差异，迷你麝香龟的花纹一般是豹纹或者点状的，而普通麝香龟的花纹形状则是放射状的。
迷你麝香龟和普通麝香龟可以混养，从它们的习性特点来看，二者的习性差异并不是很大。而且，若是一块养殖，二者一般也不会起冲突。需要注意的就是空间和食物，需要有足够的空间和充足的食物。
