如果鱼缸放在比较阴暗的地方，缸底会长出一些褐色的藻类，这是底栖硅藻。这种藻类比较原始，生命力也很旺盛，一开始是一层膜，一擦就能擦掉，时间长了会变绿。不过它本身并没有害处，只是看上去不太美观。而且它还是鱼类的食物之一，含有一定的营养，可以不用清除。
绿水一般是由单细胞绿藻繁殖太多所致，造成这种情况的前提是适宜的光环境以及充足的养分，这里的养分主要是水体中的硝酸盐和磷酸盐，由于它们过量才会让水体变绿。绿水的问题不大，想要改善的话，只要勤换水，同时暂停施肥和投喂就可以了，也可以用紫外线杀菌等照射一下。
绿苔一般附着在鱼缸壁上，在光照条件好的地方生长较快，初期是浅绿色的，之后会变成墨绿色。这种藻的生长速度快，而且很难擦掉，腐烂后还会影响水质，所以一定要尽早去除。通常养一些吃藻的鱼类就能解决，比如小精灵、黑线飞狐、白玉飞狐等。
黑毛藻不好看，鱼类也不吃，属于一定要除的藻类。通常水榕的叶子上很容易滋生，发现后需要人工去除，看到了就要擦，不然多了就麻烦了。
