人工除藻是比较简单的方法，找一块软布，直接擦拭藻类附着的缸壁，将其擦掉就可以了。需要注意的是，布料不能太硬，尤其是擦亚克力鱼缸，不然一擦就会留出痕迹，大大影响其观赏性。人工除藻虽然简单，但只能清除表面，不改变环境的话，藻类很快还会长出。
药物除藻是有一定风险的，一旦控制不好用量，很容易对鱼儿造成危害。常用的除藻药物有硫酸铜和戊二醛，以戊二醛为例，平时每100升水中可以滴入5毫升2%浓度的溶液就可以起到预防的效果，如果已经爆藻，则要加大用量，每40升水就要用等量的药物。
生物除藻就是依靠各种以藻类为食的水生动物，比如鱼类中的小精灵、青苔鼠等，虾类中很多都以藻类为食，比如大和沼虾、极火虾等，也可以养一些螺，比如鲍鱼螺、军帽螺。需要注意的是，混养一定要确保不会相互攻击。
任何除藻的方式都不可能保证将其彻底清除，爆藻很大程度上是由于环境适宜它们生长繁殖，因此要改变一下。比如减少鱼缸的受光时间，减少喂食和施肥，这些都能减缓其生长速度。
