鳄龟是一类水龟，因此若是人工养殖的话需要采用水养的方式。因此，选择水的种类就是一个重要的问题。若是有条件的话，可以用河水。因为鳄龟本身就是生活在河水之中的，若是用河水的话比较类似自然环境，它们在其中更容易适应。不过，在使用河水的时候也需要考虑它是否被污染的问题。若是河水中有太多杂质的话，也需要处理过之后再使用。湖水跟河水的效果类似，也可以使用，不过也需注意污染的问题。
若是没有条件找到河水或者湖水的话，则只能用家中的自来水。但是，不能直接使用从水龙头上接下来的水，需要晒过之后才能用。
上面已经介绍过，若是没有河水和湖水的话，也可以直接用家里的自来水。但刚接下来的水不能用，因为其中含有的氯气等物质都可能对鳄龟的健康造成一定程度的危害。有研究表明，若是长期直接用没有处理过的自来水来养殖，鳄龟容易得病，比如“白眼病”等。因此，自来水可以使用，不过必须处理过之后才行。一般来说，放在太阳底下暴晒处理就比较合适，而且操作起来也比较简单。至少要暴晒2-3天，晒过之后其中的有害物质会被除去，之后再用这些水来饲养鳄龟就比较合适了。
