如果鱼塘里的绿藻不多，可以采取人工的方式清除，一般用尼龙网将绿藻从塘中打捞出来就可以了，捞出后的绿藻可以作为鸡鸭以及猪的饲料。不过绿藻繁殖速度很快，如果规模比较大的话，人工清除就费时费力，而且收效甚微了。
鱼塘中之所以会长出绿藻，本质上还是由于水体太肥，塘中得氮磷钾元素太高，这种情况下可以药物进行治疗。通常用硫酸铜泡水或者用生石灰、漂白粉后兑水，每个月全塘泼洒一次，这样不仅可以消灭绿藻，还能消毒杀菌。
对付绿藻，其实最好的选择是虾，虾类吃藻的能力很强，因此只要在鱼塘中套养黑壳虾，就可以解决爆藻的问题。需要注意的是，养虾一定不能和养鱼冲突，因为有的鱼会吃虾，有的虾会吃鱼卵，所以一定要确保二者能相处融洽。
大部分直立绿藻的办法只能管一时，虽然不可能让绿藻永远不爆发，但通过定期清洗，可以大大延缓爆藻的时间。一般春秋季每两个月可以洗刷一次鱼塘，在绿藻的繁殖季节，也就是5-9月份，需要每月洗一次，这样就可以预防爆藻了。
