治理小球藻，最好的方法是生物防治，藻类的生长需要一定的养分，如果鱼塘中有足够的水草，它们只要长得好，就不会给藻类留下生存空间。除了水草外，还可以养一些滤食性的动物，比如河蚌、鲢鱼等，它们也能将小球藻吃掉。
除了用生物防治外，还可以采用药物来清除小球藻，改善水质。常用的药物为硫酸铜，可以全塘泼洒，浓度要达到0.7ppm，之后需要等两天，然后换掉一半的水。需要注意的是，这种药物受温度影响，溶解时水温不要超过60℃，否则会失效。
小球藻是一种光合自养植物，生长繁殖主要和光照情况有关，如果光照特别强烈，就会大量繁殖，进而导致水体变绿。如果鱼塘规模不大的话，可以考虑大棚遮阴，通过阻断光照，就能有效的限制其生长，从而改善水体的环境。
小球藻在肥力较高的水体中更容易爆发，而导致水肥力提升的原因就是投喂太多，无论是鱼塘中的残饵还是鱼的排泄物，都会在分解后成为它们的养料。通过减少投喂，降低养分的来源，也能让绿水逐渐变得清澈。
