在养殖孔雀鱼的时候，需要注意公鱼和母鱼是否可以混养的问题。对于成年的孔雀鱼来说，可以将公鱼和母鱼分开养。不过，对于刚刚孵化出来的、年龄还没有到一个月的小鱼来说，公母是无法区分的。所以，在幼鱼阶段的时候可以养在一起，不过在养殖一个月之后，也就是可以区别公母之后，可以分开养殖。
若是仍然放在一起养的话，那么到了繁殖季节的时候，公鱼会追逐母鱼，它们会进行自然繁殖的过程。但是，需要注意对于年龄刚刚达到性成熟时的孔雀鱼来说，进行繁殖的效果是非常不好的，繁殖出来的小鱼质量非常不好。所以，还是分开养比较合适。
养殖孔雀鱼的时候将公鱼和母鱼分开养，好处是比较多的。首先，就是上面提到过的避免它们在刚刚达到性成熟年龄的时候就进行繁殖。将它们分开，等它们到了最合适的年龄之后再进行繁殖，有利于改良品种，使繁殖的效果更好。除了这个方面之外，还有一些其它的好处。比如，分开养殖，公鱼会长得更快，母鱼也会发育得比较好，周围的环境因素也容易控制。再者，公鱼跟母鱼相比，性情还是比较凶的，分开养可以防止母鱼受到伤害。
