硝化细菌可以直接放到水里，也可以放到细菌屋中。倒入硝化细菌的主要目的是为了建立硝化系统，虽然时间一长硝化系统就可以自行建立，但直接添加硝化细菌的话，可以缩短建立硝化系统的时间，对于想要尽快养鱼的人来说，还是很有必要的。另外，硝化细菌作为好氧性细菌，在培养过程中一定要注意充氧。
1、亚硝酸细菌：亚硝酸细菌也叫氨氧化细菌，在硝化作用中，它是第一阶段的作用菌。这种细菌存在的目的是将水中的氨氮转化成为亚硝酸，虽然二者都会对鱼儿造成危害，但亚硝酸可以被硝化细菌进一步转化，从而起到改善水质的作用。需要注意的是亚硝酸细菌对光比较敏感，因此一定要注意避光。
2、硝酸细菌：硝酸细菌也叫亚硝酸氧化菌，它是硝化作用中第二阶段的作用菌，可以将水中的亚硝酸转化为硝酸。虽然硝酸盐对于鱼类没有太大的帮助，但至少是无害的，而且它还可以被水中的植物吸收，是非常不错的氮肥，加速水草和藻类的生长，也能为鱼儿提供氧气和食物。
