鱼缸中的过滤装置的作用在于除去水中的粪便等污物，保持水体干净、氧气充足，给鱼儿提供一个干净的环境。如果饲养孔雀鱼的鱼缸较小，水质的污染速度就会比较快，使用过滤器可以减缓污染速度。这样即使换水不那么频繁，鱼儿也能正常生活。若在这种情况下没有安装过滤装置，一旦水质浑浊，而主人又忘记换水，鱼儿很容易患病。不过，若养殖的鱼缸体积非常大，水质变坏就没有那么快了。只要定期换水，水质就能一直保持干净。在这种情况下，是没有必要安装过滤装置的。
孔雀鱼的体型较小，所以不能选择过滤孔太大的过滤装置。而且它不喜欢在水流太大的环境中生活，所以最好选择中小型的过滤装置。像瀑布过滤、水妖精、外挂式微型滤筒都是可以的。其中，水妖精是使用比较多的过滤器。它不会引起太大的水流，容易清理，并且能达到孔雀鱼所需要的净水效果。另外，水妖精还能为硝化细菌的生存提供场所。硝化细菌也可以适当清洁水质、提供氧气，对孔雀鱼来说非常重要。因此，建议选用水妖精作为饲养孔雀鱼的过滤装置。
