造景鱼缸清理鱼粪可以在换水的时候清理。换水是养鱼必不可少的一步，通常没有固定的换水周期，要根据水质的维持情况决定，水质维持得好，就可以少换。换水需要先抽水，抽水一般要从底部开抽，这样就可以清理缸内的鱼粪。
生物清理的方法是比较适合造景鱼缸的，可以养一些工具虾、工具螺等，它们都有清理粪便的作用，而且由于造景提供了掩护，也不容易被鱼儿吃掉。但要注意的是，不是所有的工具螺都能放的，最好养一些汽水螺，它们不会在缸内繁殖。
如果鱼缸的过滤系统比较强大，也可以依赖过滤的方式将其滤除。过滤需要水泵，水泵可以产生水流，水流能将缸内的杂物带入滤盒中，从而起到过滤的效果。需要注意的是，过滤虽然看起来没有鱼粪了，但堆积在滤盒中也会污染水体。
其实鱼缸内的粪便不处理也是可以的，等待它自然分解，分解后虽然会产生氨氮，但缸内有良好的硝化系统，硝化细菌可以将氨氮转化，从而避免鱼儿受到毒害，还能产生硝酸盐，作为缸内水生植物的养分。
