2-3厘米的鳄龟刚出生不久，饲养者要按照少食多餐的原则给它们投喂，可以一天喂1-2次。因为它们在幼龟的阶段对营养的需求量比较高，但是它们的食量并不大，所以饲养者要少量多次的给它们投喂。才能满足它们对营养的需求。除此之外，温度对喂食的频率也有很大的影响，如果水温在20℃以上，可以一天喂2次。如果水温在20℃以下，可以一天喂1次。
2-3厘米的鳄龟最好喂一些高营养的食物，因为它们比普通乌龟的体型大，所以日常所需的营养物质也相对来说多一些。幼年鳄龟可以喂一些小鱼、小虾等，但是在投喂前需要将鱼切碎，小虾要去掉虾壳，避免有尖锐的东西划伤内脏。
也可以喂一些红虫、面包虫、黄粉虫、丝蚯蚓、水蚤等活饵，但是活饵容易携带寄生虫，饲养者需要提前杀菌消毒。在投喂前，也需要切断或切碎。
除此之外，饲养者也可以喂一些牛肉、鸡肉、动物内脏等，这些食物家庭中比较常见，而且不易携带细菌，是非常适合投幼年鳄龟的。
