鼠鱼吃藻，尤其是野生鼠鱼，在没有其它食物的时候，藻类就成了它们经常吃的一种食物。在家庭饲养中，藻类也是一种常见是食物。大多藻类中含有丰富的纤维素和维生素，其中纤维素有助于它们消化，而维生素可以促进它们体内营养物质的吸收，是一种良好的辅食。不过不是所有的藻类可以作为它们食物。它们只会吃一些叶片比较小，便于它们消化的藻类。而那些叶片比较长的藻类它们是不会吃的。
鼠鱼是一种杂食性动物，和许多杂食性动物一样，它们可以吃很多东西。其中植物类它们除了吃水藻以外，还可以吃蔬菜和水果，这些食物中它们最喜欢吃的还是藻类。藻类相对与其它食物口感比较好。
它们可以吃一些动物性饵料，也可以吃水生小动物。这些小动物中都含有丰富的营养物质。不过在投放之前要进行清理，最好是对饵料杀菌消毒，避免饵料将外界病毒带入鼠鱼体内，导致它们患病。鱼饲料也是它们经常吃的一种食物，但大多鱼饲料是由小动物和植物混合制成的，是一种干料，口感不是很好，所以有条件的话还是推荐主喂动物性饵料。
