小鳄龟在野外生活的时候，都是在小溪、湖泊、沼泽以及河流中的。人工饲养小鳄龟时，可以选择与自然环境相近的河水，因为它们本身就是生活在河水中的，饲养者再用河水养殖，可以更好的模拟自然的环境，它们也更加容易适应。但是现在大部分河水都会或多或少的受到污染，饲养者需要处理之后才能使用。另外，湖水也是比较适合的，但是也要跟河水一样，经过处理后再使用。
如果饲养者无法获取到河水或者湖水，也可以用自来水。因为小鳄龟对水质的要求并不是很高，所以只要使用自来水前暴晒2-3天，就不会影响它们的健康。
小鳄龟不同阶段适合的水位也是不同的，幼年时期的小鳄龟，水位不能太深。因为它们游泳能力和体力都比较差，而且对环境的适应能力较差，如果水位太深，就会影响它们正常呼吸。等它们成年以后，高度可以提升一些，水位可以控制在背甲高度的2-3倍，最好不要超过3倍，不然也会有呛水或溺亡的风险。
