在放置过滤棉的时候，需要特别注意放几层的问题。对于一般的鱼缸，也就是说鱼类的条数不太多的情况下，使用2-3层过滤棉就可以了。当然，若是鱼缸之中鱼类的数量非常多，鱼类非常密集的话，那么对水质的污染相对来说也会快一些，此时就需要多放置过滤棉。但总体来说数量不能太多了，不然也会有害处，造成浪费，也会阻隔水流。
在正常的情况下，上面的一层过滤棉可以使用物理过滤棉，它们用来过滤体型比较大的杂质，比如食物的残渣、粪便等。因此，它们很容易脏，尤其是水质差、杂质多的情况下。因此，物理过滤棉可以根据具体情况放置1-2层，建议还是放置两层，因为有的物理过滤棉厚度不够，而且有时候质量也可能较差。下面的一层则可以放置空隙比较大的生化棉，放置它们对于鱼缸中的有益菌系统有帮助。由于上层物理过滤棉的阻隔，生化棉则不太容易变脏。
上面已经介绍过，一般来说在放置过滤棉的时候2-3层比较合适。若是只放置一层，那么一般就是物理过滤层。如鱼类数量比较多，或者过滤棉比较薄的话，那么可能导致过滤效果不好，水质可能会变差。尽量物理过滤棉和生化棉都放置一层，这样对鱼类的健康和生长有帮助。
