过滤棉是一个重要的工具，在养鱼的过程中可以用它们来清理杂质、保证水质。在具体使用的时候，至少要垫两层才行。最上面的一层是物理过滤层，它们用来阻挡、过滤鱼缸中一些大颗粒杂质的效果是比较好的。下面的一层可以放生化棉等其它的过滤棉。
有时候物理过滤棉会比较薄，而且它们也比较容易脏。考虑到这两个方面，可以放置两层物理过滤棉。物理过滤棉需要定期清理，而且这个间隔有时候是比较短的，尤其是在水质比较脏的情况下。两层物理过滤棉最好不要一块清洗，在清洗一块的时候可以使用另外一块，这样可以避免水质和水中的有益菌系统发生比较大的变化。另外，需要注意在鱼缸中鱼类比较多的情况下，杂质也会比较多，此时最好放置层数多一些。
在放置过滤棉的时候，有些养殖者会认为过滤棉放置越多越好，其实这是一个误区，事实并非如此。在饲养密度合理的鱼缸之中，不用放置太多的过滤棉。若是放置太多，不但起不到它们应有的作用，反而会造成一些危害。比如，过滤棉的层数在比较多的情况下，会对水流有阻碍的作用。层数越多，对水流的作用也就越大。在下层的过滤棉根本没有办法接触水流和杂质，就会造成不必要的浪费。若是质量不太好的过滤棉，那么时间一长它们就容易腐烂了。
