在刚开始养鱼的时候，需要在鱼缸中建立一个硝化系统。在具体使用硝化菌的时候，可能会用到玻璃环等工具。若是液体的硝化菌，可以取适量放在玻璃环上。若是胶囊状的硝化菌，则可以将胶囊打开，将其中的内容物撒到过滤槽中，之后它们就可以自行溶解于水中了。等待一段时间之后，鱼缸中会形成一个完善的硝化系统，但有时候等待的时间会比较长。
在硝化系统形成之后，一般来说是不用定期放入硝化细菌的。不过，这个系统也有它的承受范围，若是环境的变化超过了它的承受范围，那么它就会被破坏，此时需要加入适量的硝化细菌来重新建立这个系统。具体来说情况还是比较多的，比如鱼缸中又加入了新的鱼，或者人工加入了一些杀菌剂等，都可能导致硝化系统被破坏，此时就需要重新加入硝化细菌。
在使用硝化菌的时候，需要将它们放置在鱼缸中合适的位置。一般来说，可以将它们放在过滤槽的出水口这个位置。另外还需要注意的一点就是在它们放置的位置要大量打氧，因为它们是一种好氧细菌，若是想让它们快速繁殖，氧气的供应是一个非常重要的问题，一定要提供充足的氧气才可以。
