1、颜色不同：若是刚出生的孔雀鱼，那么不论公母看起来都是差不多的。若是成年的孔雀鱼，分辨公母相对来说就比较容易了。首先，它们颜色的差别是比较明显的。雄性孔雀鱼身体的颜色是绚丽多彩的，非常好看，而且许多公鱼的身体上还有漂亮的花纹。但雌性孔雀鱼的颜色一般就比较单一了，而且大多数是没有花纹的。从颜色这个方面，是比较容易分辨性别的。
2、尾巴不同：另外，二者的尾巴占身体的比例是不一样的。公鱼的尾巴占身体的部分比较大，而母鱼的尾巴占身体的部分比较小，不过母鱼总体的长度是比公鱼长一些的。具体来说，成年的公鱼长度一般在3厘米左右，而尾巴占比一般是三分之二；而母鱼的长度可达到5-6厘米，但它们的尾巴却比较短。
3、鱼鳍不同：雌性孔雀鱼和雄性孔雀鱼的鱼鳍也是不同的。最主要的区别就是大小不同，公鱼的鱼鳍会比较大，而母鱼的鱼鳍看起来比较小。
4、是否有胎斑：若是在繁殖期的话，那么辨别孔雀鱼的公母是非常容易的。简单来说，若是母鱼，那么在腹部会出现胎斑，这个特征比较明显，可以很容易观察出来。
孔雀鱼性格温和，在空间、食物充足的情况下可以和平相处，不会打架，因此，公母孔雀鱼是可以混养的。
