金鱼水霉病正常情况下是无法自愈的，因为金鱼患上水霉病的主要原因就是身体外部受伤以后细菌入侵。水霉病只有在菌丝长出以后才能被发现，此时金鱼患病的时间已经较长，而且患病的情况也已经比较严重，所以依靠自身的抵抗力和免疫力是无法自愈的。再加上金鱼患上水霉病后治疗也比较困难，即使饲养者发现后立即用药，也不一定可以完全治愈，所以金鱼患上水霉病后，自愈是很难的。
1、隔离：金鱼患上水霉病后，饲养者需要先将它们转移到一个单独的鱼缸内。因为水霉病有一定的传染性，如果不隔离的话，可能会传染给其它的鱼儿。
2、换水：在治疗期间，饲养者需要每天给它们换水，保持水质清洁。最好安装一个过滤器，减缓水质恶化的速度。
3、下药：如果金鱼水霉病的情况比较严重，饲养者需要使用3ppm的孔雀石绿溶液给它们药浴。每天药浴1次，每次药浴20分钟，数日之后就会见到成效。
4、杀菌：饲养者也可以安装一个紫外线的杀菌灯，每天开灯4-5个小时，这样可以杀死金鱼体表的霉菌。
