1、白点病：白点病是热带鱼的常见病，宝莲灯鱼也不例外，它通常是由小瓜虫引起的，患病后身体上会长出白点，游泳也不活泼。这种病多发于春秋季，具有极强的传染性。
2、水霉病：水霉病通常是由于宝莲灯鱼受伤后，真菌入侵伤口所致，伤口处会长出白色的絮状物，也就是菌丝。其末端会长出孢子囊，释放孢子传播到其它鱼类的身上。
3、烂尾病：烂尾病是一种由粘球菌引起的疾病，它主要危害宝莲灯鱼的尾巴，会导致其腐烂，从而影响其游泳和平衡，一年四季都会发生，需要及时进行治疗。
4、气泡病：如果水中溶解的气体太多，宝莲灯鱼就会患上气泡病，这种病主要危害幼鱼，鱼鳍上会有气泡，并且逐渐发红糜烂，影响鱼体的平衡。
宝莲灯鱼的治疗方法基本上大同小异。首先要给它换水，通过注入新水可以稀释水体中的病菌和寄生虫，避免病情继续恶化。之后要适当升温，这样可以激发鱼儿的免疫力，提高它的新陈代谢。最后要加一点盐，改变水体渗透压，抑制病菌从水体进入鱼的身体内。另外，针对不同的疾病，也可以用相应药物浸洗治疗。
