公彩虹鲨与母彩虹鲨之间差异并不算太大，因此在分辨起来有一定的难度，多选择从外表来进行分辨。具体来说，它们主要有以下几种辨别方式：
1、从外观上看，公彩虹鲨的身体看上去要小一些，而母彩虹鲨的身体则大一些。
2、从腹部体态上看，性成熟之后，母彩虹鲨的腹部看上去会比较臃肿，而公彩虹鲨则比较细长。
3、从身体颜色上看，公彩虹鲨的尾部颜色主要是金红色，而母彩虹鲨的尾部颜色主要是橘红色。
4、从性格上来看，公彩虹鲨更为暴躁一些，母彩虹鲨性格则会比较温和。
彩虹鲨公母是可以养在一起的。彩虹鲨奉行的是“一夫一妻”的原则，因此在平时生活中，可以将公母混养在一起，这样也可以让它们自然繁殖。但是在混养过程中也需要注意养殖密度，在繁殖期可以将一条公鱼一条母鱼拿出来进行单独繁殖，否则公鱼与公鱼之间很容易便会发生打斗现象，从而出现伤亡损失。
