想要防止鱼缸内长绿藻，最好的办法就是适当遮阴。因为绿藻的生长离不开充足的光照，如果担心因为缺光影响鱼儿的生长，可以在缸内安装专门的灯具，每天开启一段时间，这样也不会促进藻类的生长。
当水体营养过剩的时候，藻类就很容易爆发。而这种情况一般是由于喂食太多引起的，吃掉的食物会变成排泄物，没吃掉的则是残饵，它们在分解后产生的氨氮是藻类生长的养分，通过减少投喂也能起到抑制作用。
很多工具鱼具有食藻的特性，常见的有青苔鼠、黑线飞狐、小精灵鱼等等，它们都会吃藻，有一些只有幼鱼时期吃，长大后就要换掉了，还有一些吃过鱼粮后就不吃藻了，所以一定要控制投喂。
除藻剂不仅可以消灭绿藻，控制好用量的话，一样可以起到预防藻类爆发的作用。常用的除藻剂是戊二酮，通常100升水添加2%浓度的戊二酮2-5毫升，就可以起到预防的效果。如果已经爆藻，则要增加用量。
