鳄鱼在性成熟之后，会在合适的繁殖时期交配生蛋。一般来说，从每年的12月份开始，一直在3月份，是鳄鱼繁殖的高峰期。交配的过程是在水中进行的。雄性鳄鱼会先通过吼叫等方式向雌性求爱，然后靠近雌性，用阴茎与之交配。在交配过后10天左右，雌性就会生蛋。生蛋的过程是在地面上完成的，雌性在生蛋前会先在地上挖坑，然后将蛋生在里面。鳄鱼蛋的孵化也是在土坑中完成的。
上面已经介绍过，雌性鳄鱼在生蛋前会挖坑，并且在坑中生蛋。鳄鱼蛋的孵化过程也是在坑中完成的。自然孵化所需要的时间是比较长的，一般来说至少需要2个月，有时候甚至需要3个月。虽然这段孵化的时间比较长，不过雌性鳄鱼会一直在旁边守着，一直到听到小鳄鱼的声音只有，雌性鳄鱼会帮助小鳄鱼爬出土坑，繁殖过程就结束了。不过，自然孵化的成功率并不是特别高，只有40%左右。
若是人工孵化的话，时间可以缩短，而且孵化的成功率也高，有时候可以达到90%左右。在人工孵化的时候，控制温度和湿度是两个重要的任务。尤其是温度，温度适宜可以缩短孵化时间。另外，具体的温度也会影响孵化出的鳄鱼的雌雄。若是温度在28-31度，孵出的是雌性；在31度之上的孵化，孵化出的则是雄性。另外，人工孵化时位置也很重要，蛋中的小鳄鱼对位置的变化很敏感。在孵化的过程中，不能让它们的位置发生太大变化。
