1、排泄孔区别：分辨火焰龟的公母，需要在体型比较大的时候进行，在幼龟阶段的时候基本是没有办法区分的，长大之后区别特征才比较明显。首先可以从它们的泄殖孔来区分。二者泄殖孔的位置是不同的，公龟的泄殖孔位置比较靠近它们的尾巴，而母龟的泄殖孔距离它们的尾巴就比较远了。它们泄殖孔的形状也是不同的，公龟的泄殖孔形状看起来比较长，母龟的则看起来是圆圆的。
2、尾巴区别：公龟和母龟的尾巴大小也是有区别的。公龟的尾巴又粗又大，但母龟的则是又细又短，有时候比较容易观察到。
3、腹甲区别：二者的腹甲也有区别，可以通过观察来区分公母。公龟的腹甲上面有比较明显的凹陷部分，但母龟的却没有。
火焰龟的公龟和母龟的背壳都可能会发红，这是火焰龟的特征之一，也是它们得名的原因。当它们的年龄还比较小的时候，它们背壳的颜色是黄色和绿色，在之后养殖一段时间过后才能变为黑色和红色，公龟和母龟都有机会变成红色。但是，不是所有的火焰龟都会变红，不变色的原因比较多，有些是因为先天没有变红的基因，有的则是因为后天养殖方式不当。
