一般来说，在小鳄龟还比较小的时候，无法区分公母。区分公母至少要在它们的体重达到1斤以上。具体来说，可以从以下几个方面来区分：
1、尾巴区别：公龟和母龟的尾巴差异是比较大的。公龟的尾巴看起来非常大，也比较粗。母龟的尾巴则正好相反，是又细又短的。
2、泄殖孔区别：公龟和母龟的泄殖孔位置有区别。如果是公龟，那么它们的泄殖孔则比较远离它们腹甲的后端。母龟则是相反的，它们的泄殖孔距离腹甲是比较近的。
3、腹甲区别：还可以直接观察它们的腹甲，看上面有没有凹陷。如果有凹陷的话，那么就是公龟；如果没有凹陷的话，则就是母龟。
4、看有无阴茎：还可以通过性器官来判断它们的公母。如果是公龟，那么它们有时候会将阴茎露出来，母龟则没有，可以通过观察阴茎来判断。
小鳄龟的公龟和母龟最好不要放在一起养。从性格方面来看，它们的胆子比较大，而且它们的性格比较活泼，活性是非常高的，因此若是混养的话可能会互相打架。若是其中一方体型比较大的话，那么可能会直接将体型小的龟咬伤。另外，从空间方面来看，小鳄龟活动的范围比较大，若是混养的话需要的空间也很大，龟的数量太多是不太合适的。
