通常鱼缸中有鱼屎是不用处理的，缸内的异养菌会将其分解，分解后产生的氨氮则会被硝化细菌吸收，从而转化为硝酸盐，而硝酸盐则是水生植物的养分。但这一切发生的条件是缸内的硝化系统建立完成，否则的话还是需要其它的清理方法。
鱼缸中一般都需要安装过滤器，过滤器可以很好的清除水中的污物，只要缸内的水流达标，鱼屎以及残饵等都会被过滤器的吸水口吸走。不过，强大的过滤也不是万能的，如果水循环除了问题，比如出现溢流，鱼屎的动向就是漂浮不定了。
如果缸内的过滤能力不强，这就需要人工将鱼屎清理掉了，一般在换水的时候进行。用一根管子伸到缸底，用虹吸法将缸底的是抽出，这样就能带走部分污物，之后从缸壁处兑入新水就可以了。需要注意的是，换水不能太勤，水量也不能太大。
养清道夫其实并不是处理鱼屎的最佳选择，虽然它确实吃，但它也会有排泄，所以一样会污染水质。除了这种鱼之外，还可以考虑鼠鱼、罗氏虾等，这些水生动物都会吃掉鱼屎，不过它们的排泄物也需要清理。
