呼吸在动物的生命活动中起到非常重要的作用，不同的动物有不同的呼吸方式。要了解鲸鱼的呼吸方式，首先应该明确它们是哺乳动物。由于生活在水中，它们是一种水生哺乳动物。虽然在某些特点上跟陆生哺乳动物有差异，但在呼吸方式上则是一致的。鲸鱼是用肺部来呼吸的。不同于鱼类借助鳃来呼吸的方式。除了肺部之外，鼻孔在它们具体呼吸的时候也会起到比较重要的作用。
在具体呼吸的时候，鲸鱼会自己挑选一个适合呼吸的时机，然后将头探出水面，它们会将肺部的空气排出来，这些空气和周围的海水会一块从鼻孔中被喷出来。之后鲸鱼会将大量的空气吸入肺部，可以供它们长时间潜水。
上面已经提到过鲸鱼呼吸时所用的器官以及所采用的方式。从中可以看出，鲸鱼在呼吸的时候必须露出水面才可以，在海底是不能呼吸的。因此，这个特点使得鲸鱼不能一直潜在海底，而是需要每隔一段时间就得出水呼吸才行，长时间待在海底是不行的。不过，不同于人类以及其它动物的呼吸，鲸鱼可以自主选择自己呼吸的具体时间，而人类和其它大部分动物则基本是被动的，必须不停呼吸才可以。在一次呼吸之后，不同鲸鱼可以坚持的具体时间是不同的，有些鲸鱼可以坚持几个小时之久。
