小鳄龟的食性较杂，可以吃的食物比较多，但是它们比较偏爱肉类，饲养者最好多给它们投喂一些动物性饲料。尤其是在幼年时期，它们对食物和营养的需求量比较大，饲养者可以用动物性饲料作为主食，植物性饲料作为辅食来投喂它们。适合小鳄龟吃的动物性饲料有小鱼、小虾、红虫、蚯蚓、泥鳅、蜈蚣、贝壳类、螺类、瘦肉、动物内脏等。虽然投喂动物性饲料可以使它们的营养充足，但是为了保证它们的营养均衡，饲养者最好给它们搭配一些植物性饲料。适合它们吃的植物性饲料有水草、水藻、白菜、空心菜、苹果、香蕉等。
小鳄龟不同的阶段投喂食物的频率也不同，一般来说，幼年时期投喂的频率需要高一些，一天喂1-2次，每次喂到8成饱即可。等它们发育成熟后，投喂的量可以大一些，但是投喂的频率需要低一些，一周2-3次就可以。除了根据它们的生长阶段，饲养者还需要根据水温来决定投喂的频率，如果水温偏高，饲养者可以将提高喂食的频率。如果水温较低，喂食的频率可以降低一些。
