分辨金头闭壳龟公母的方法有很多，但通常还是以外形的区别作为主要区别方式。首先，从体态上来看，母龟要明显更为圆润，背甲也比较宽，而公龟的体型则要更加细长。其次，在腹甲部分，由于繁殖的需要，公龟的腹甲有着明显的凹陷，而母龟则比较平坦。
再次，公龟的尾巴与母龟相比根部更加粗壮，并且长度也比较短，游动起来，公龟更为灵活。最后，从泄殖孔来看，母龟的泄殖孔距离腹甲比较近，较圆较凸，而公龟则距离尾巴尖端比较近，形状是长条形的。
一般情况下，金头闭壳龟的公母是可以养殖在一起的。首先它们的性格比较温和胆小，一般不会主动对其它龟类发起攻击。其次就是等它们到性成熟期之后，它们有可能发生自然繁殖的行为。但是需要注意的是，混养过程中，要时刻注意养殖密度和养殖的龟的大小，如果养殖数量过多，并且体型差异过大，也会因为领地意识发生打斗。
