鱼缸杀菌灯通常白天晚上都要开。杀菌灯和普通的灯不一样，并不是直接照射鱼缸，因为它的光是紫外线，会对鱼儿健康不利，所以需要将其和过滤设备连接起来，在水流进入滤盒之前，先要经过杀菌灯的区域照射，这样就能起到灭菌的作用。如果每天只开一段时间，灭菌的作用就不能达到较好的水准。
1、杀菌：杀菌灯的主要作用就是杀菌。而它能消灭的主要是细菌，对于大部分霉菌，它是没有办法的，因为这种灯依赖过滤形成的水流杀菌，而霉菌具有附着性，不会随水流动，所以杀不掉。另外，杀菌灯是无法分辨有益菌和有害菌的，所以开启时间太长也可能会有副作用。
2、杀藻：杀菌灯也有杀菌的能力，对于水藻而言，它只需要1.2-40秒的时间就可以将其消灭。之所以时间会差很多，是因为藻的种类不同，针对小球藻这种分散比较均匀的藻类，杀灭起来很快，但如果是长一点的藻，杀灭的时间就要长得多。
3、杀虫：杀菌灯同样可以杀虫。这里的虫不是昆虫，因为一般的昆虫也进不到鱼缸中去，而是指的原生虫或个头很小的节肢动物，它们被杀菌灯照射后也会快速死亡。
