鱼塘消毒最常用的药物就是生石灰，一般在清塘的时候用。通常用生石灰消毒，多选在晴天进行，而且要在下午三天之后。如果鱼塘中没有水的话，每亩需要用70-80千克的生石灰，有水的话则要根据水深控制用量，一米深的水，每亩要用100-150千克左右。
1、漂白粉：漂白粉是和生石灰一样的常用消毒剂，它对细菌、真菌和病毒都有杀灭作用，而且还能调节ph。需要注意的是，这种药物的稳定性比较差，所以保存一定要避光避热，同时还要做好防潮工作，不然会导致其失效。
2、二氧化氯：二氧化氯是新型消毒剂，它的特点就是用量少效果好，它可以使水体中微生物的蛋白质分解，从而将细菌、病毒等消灭，而且也对藻类以及原虫有效。它的浓度一般为0.5-2ppm，通常有两袋，混合活化后再进行泼洒。
3、二氯异氰尿酸钠：二氯异氰尿酸钠的状态比较稳定，溶于水后会产生次氯酸，进而起到杀菌的效果。
