1、背甲形状区别：公龟和母龟的背甲形状是不同的，可以通过观察它们的形状来区分它们的公母。若是背甲看起来是方形的，那么就是母龟；若是背甲看起来比较长，那么就是公龟。
2、生殖孔位置区别：拟鳄龟的公龟和母龟的生殖孔位置是不同的。公龟的生殖孔距离它们背甲的边缘要远一些，一般在它们尾巴上的第一硬棘之外的地方。母龟则不同，它们的生殖孔距离它们的背甲边缘是比较近的，一般会在它们尾巴上第一硬棘之内的地方。
3、尾巴区别：拟鳄龟的公龟和母龟的尾巴区别也是比较大的。首先，可以观察它们尾巴的基部，若是比较细，那么就是母龟；相反，尾巴的基部粗大的就是公龟。还可以看它们尾巴的长度，公龟的尾巴较长，母龟的尾巴则比较短。
4、腹甲区别：它们的腹甲也是不同的，公龟的腹甲上会有一部分凹陷进去，而母龟则没有这个凹陷的部分。
拟鳄龟的公龟和母龟可以放在一起养，一般不会起冲突。不过，考虑到它们的体型是比较大的，因而在它们成年之后最好将它们分开，不然空间可能会不足。若是混养，可以在它们处于幼龟阶段的时候，或者在它们处于繁殖期的时候。混养时，需要给它们提供充足的食物，避免它们因为争夺食物而打架。
