鱼缸最下层的沉淀物可以在换水的时候进行清理。准备一根软管，将其一头插入到鱼缸的底部，然后从另一头吸一口，并将其放到低于缸底的位置，利用虹吸原理将水从底部抽出，同时也会带出下层的沉淀物，前提是没有铺底砂。如果有底砂的话，下层的沉淀物就不好清理了。
1、残饵：平时投喂饲料如果没有把控好用量，导致喂食太多鱼儿吃不了，就会有一些变成残饵，沉淀到水底去。残饵作为有机物，分解后会产生氨氮，对鱼儿的健康不利，所以一定要及时清理，平时也要减少投喂。
2、鱼便：除了残饵外，最主要的沉淀物就是鱼便了，它和残饵差不多，都会污染水质，所以一定要注意清理。清理的方法有很多，除了换水的时候清理，也可以加强过滤，这样也能将其排出。
3、菌膜：鱼缸中建立起硝化系统后，硝化细菌大量繁殖，会形成一定的菌膜，这对于水质来说并不会有什么影响，不过会降低观赏性，看上去脏脏的，可以养一些清洁鱼，它们会将其吃掉。
