河马从类别来看属于哺乳动物，它们的一些关键特点也跟其它的哺乳动物相同，比如河马也有肺，并且用肺呼吸。这就导致河马是无法在水里呼吸的，在水中呼吸会导致溺水。一些人会因为河马可以长时间待在水中而认为河马是在水里呼吸的，其实河马在呼吸的时候头部都是伸出水面的，至少要将鼻孔伸出水面，河马处于深水区的时候就是如此，否则是无法呼吸的。
有时候河马还会潜入比较深的水中，将身体完全沉入水中。这种情况下河马是不会在水里呼吸的，它们的耳朵和鼻孔会在水中关闭，就像是阀门一样。不过，河马不能一直保持这个状态太长时间，一般来说每隔3-5分钟它们就得换气一次，之后才能重新潜入水中。
河马可以在水中自由进行各种活动，睡觉也是可以在水中进行的。河马活动的区域经常是淡水流域的浅水区，睡觉的时候一般来说也是在浅水区。当河马睡觉的时候，它们的头部是露在水面上方的，或者至少让它们的鼻孔处在水面的上方，只有这样河马才能不必担心呼吸的问题，可以随时自由呼吸。事实上，河马经常在水中睡觉，而且经常是白天时在水中休息。
