旗鱼和马林鱼没有区别，它们就是同一种鱼。马林鱼是旗鱼的另一种称呼，其实它们都是指鲈形目、旗鱼科的鱼类，只是名称不同。旗鱼是它们比较正式的名字，马林鱼是因为它们英文的名称叫做“Marlin”，所以音译成中文就变成了马林，所以也有很多人称它们为马林鱼。也就是说，两个名字都是指的同一个鱼，所以并没有什么区别。
1、品种不同：旗鱼和金枪鱼的外形比较相似，但是它们是不同的科属。虽然都是鲈形目的鱼类，但金枪鱼是鲭科、金枪鱼属，旗鱼是鲈形目、旗鱼科的。
2、价值不同：旗鱼和金枪鱼虽然都是可食用的鱼类，但是它们两者的营养价值有很大的区别。金枪鱼的营养价值会更高一些，而且吃起来的口感也会更好一些，价格也会更贵一点。所以不论是营养价值和商业价值，金枪鱼都会更高一些。
3、鱼鳍不同：旗鱼的鱼鳍更加发达，尤其是它们的背部会有一片像芭蕉叶一样的背鳍。金枪鱼的鱼鳍并不丰富，而且鱼鳍的体积相对来说也会更小一些。
